火龙果茎枯病由有性态的球腔菌属(Mycosphaerella sp.)和无形态的茎点霉属(Phoma sp)寄生引起，主要危害火龙果肉质茎，病菌随病茎在地表越冬，翌年3月温度达到5℃时，病菌开始活动，15℃时散发抱子侵染火龙果肉质茎，其发病适温为20^300C。分生抱子器随雨水滴溅或空气传播进行再侵染。其病害发生部位是火龙果的肉质茎。开始时出现乳白色小斑点，以后逐渐扩大成不规则形病斑，无明显边缘，稍凹陷，边缘黄色，中央灰白色，上面附着黑色小粒点。

火龙果茎枯病一般在3月下旬开始发病，此期病害才刚开始见病，病株率尚低，病情发展缓慢。从4月上旬开始，病害开始加重。5月中旬至7月中旬为发病盛期，此时正值火龙果开花期，由于气温升高，加上雨季来临，给病害发生创造了非常有利的条件，使病害在田间迅速蔓延造成病害大发生。11月下旬以后进入越冬阶段。全年发病高峰时间是6月底至7月初，田间病株率达20%以上，给火龙果生产造成严重影响。茎枯病的流行与降雨、风向有密切关系。雨水溅沾的传染距离较近，是初期的侵染途径。空气传染是大面积发病的主要原因，田间的蔓延方向和发病速度常受风向的影响。地势低洼、土质粘重的地区发病情况高于地势高的砂质壤土地区，另外，过量偏施氮肥也会促使发病严重。不同品系的火龙果感病情况也不同，红肉品系易感病，而白肉品系和粉红色果肉品系不易感病。